No século XVI surgiu o povoado da Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba, mas se extinguiu em 1693, quando grande parte da população do povoado foi assolada pela varíola. O surto foi extremamente forte e espantou os habitantes que não estavam doentes, esses se deslocaram para Ubatuba e São Sebastião. Pouco a pouco, seus habitantes foram retornando para o povoado deserto, que cresceu somente no século XVIII.
Em 27 de setembro de 1770, o povoado foi elevado à condição de vila, o que foi modificado em 1847, quando se tornou freguesia. Dez anos depois a freguesia foi elevada a condição de Vila politicamente emancipada. Seu desenvolvimento econômico foi bastante lento, pois seu comércio era instável. Em 1927, com a construção da Fazenda dos Ingleses, Caraguatatuba passou a se desenvolver, o que posteriormente trouxe ao município várias rodovias que lhe proporcionou desenvolvimento turístico.